Para organizar um projeto Node.js que ainda vai crescer, separe o domínio das entradas HTTP e da infraestrutura desde o primeiro fluxo que realmente funciona.
Comece pelo fluxo que entrega valor
Mapeie uma jornada pequena, como criar um usuário ou registrar um pedido. Ela revela onde ficam validação, persistência, autorização e resposta sem obrigar o time a desenhar uma arquitetura abstrata.
Separe responsabilidades com nomes concretos
Pastas como routes, services, repositories e domain ajudam quando cada uma tem uma responsabilidade observável. O problema não é ter poucos diretórios; é permitir que qualquer camada faça qualquer coisa.
Use dependências explícitas
Passe banco, relógio e clientes externos como dependências. Assim o teste não precisa conhecer o ambiente inteiro e uma troca de fornecedor não se espalha pelo código.
Evite abstrações antes do segundo caso
Uma função compartilhada deve nascer de dois comportamentos realmente iguais. Até lá, duas implementações legíveis costumam custar menos do que uma abstração que esconde diferenças importantes.
Próximo passo
Escolha uma parte pequena do sistema, registre o comportamento atual e faça uma mudança que possa ser observada e revertida. O objetivo não é aplicar uma receita inteira de uma vez, mas transformar uma hipótese em um teste que ensine algo sobre o projeto real.